Termékek

Nemrég beszámoltunk arról, hogy a pirénnukleotidot előnyösen egy abázikus hellyel, egy timin-dimer 3'-T-jével és a legtöbb sértetlen bázissal szemben helyezi be az élesztő DNS-polimeráz eta (pol eta).Mivel a pirén egy nem poláris molekula, amely nem képes H-kötő képességgel rendelkezni, a dPMP inszerció szokatlanul magas hatékonysága a kiváló bázishalmozási képességének tulajdonítható, és aláhúzza a bázishalmozás fontosságát a nukleotidok pol eta általi kiválasztásában.A H-kötés és a bázispár geometria szerepének vizsgálata a nukleotidok pol eta általi szelekciójában, meghatároztuk a 2,6-diaminopurin, 2-aminopurin, 6-klórpurin és inozin bázismódosított nukleotidok inszerciós hatékonyságát. bázispár geometriától függően különböző számú H-kötést készítsen a sablon alappal.Úgy tűnik, hogy a Watson-Crick bázispárosítás fontos szerepet játszik a C-vel és T-vel szembeni inszercióhoz szükséges nukleotid-analógok kiválasztásában, amit a relatív inszerciós hatékonyság csökkenése bizonyít a Watson-Crick H-kötések számának csökkenésével és a a donor-donor és az akceptor-akceptor interakciók száma.A nukleotid inszerció szelektivitása nagyobb az 5'-T-vel szemben, mint a timin-dimer 3'-T-jével, összhangban a korábbi munkákkal, amelyek arra utalnak, hogy az 5'-T merevebben van megtartva, mint a 3'-T.Továbbá úgy tűnik, hogy az A beépülését a dimer mindkét T-jével szemben a Watson-Crick bázispárosítás közvetíti, nem pedig a Hoogsteen bázispárosítás, az A és a 7-deaza-A szinte azonos beillesztési hatékonysága alapján, amely utóbbiból hiányzik a H- ragasztási képesség az N7-nél.A Watson-Crick bázispárokat képező nukleotidok beillesztésének relatív hatékonysága párhuzamos a Klenow-fragmensével, míg a Klenow-fragmens erősebben megkülönbözteti az eltéréseket, nagyobb alakszelektivitásával összhangban.Ezek az eredmények alátámasztják a H-kötés és a Watson-Crick bázispár geometria fontosságát a nukleotidok pol eta és a Klen ow fragmentum általi szelekciójában, valamint az alakszelekció kisebb szerepét a pol eta általi inszercióban, mivel nyitottabb és kevésbé korlátozott aktív hely.