Termékek

A fehérje-foszforilációs hálózatok óriási összetettsége miatt a proteom-szintű foszforilációs események elemzése továbbra is jelentős analitikai kihívást jelent.Ebben a munkában értékeljük a Lys-N, Lys-C és tripszin komplementaritását, tekintettel arra, hogy képesek-e hozzájárulni a foszfoproteom globális elemzéséhez.Az alacsony pH-jú erős kationcsere finomított változatát alkalmazták az N-terminálisan acetilezett, foszforilált és nem módosított peptidek hatékony elválasztására.Összesen 5036 nem redundáns foszfopeptidet lehetett azonosítani <1%-os hamis felfedezési aránnyal 1 mg fehérjéből a három enzim kombinációjával.Adataink azt mutatták, hogy a különböző proteázokkal generált foszfopeptid adatsorok közötti átfedés marginális volt, míg két, hasonlóan generált tripsztikus adatsor között legalább 4-szer nagyobb volt az átfedés.Ily módon a Lys-N és a tripszin párhuzamos alkalmazása lehetővé tette a detektált foszfopeptidek számának 72%-os növekedését, összehasonlítva a d-vel a tripszin önmagában, míg a tripszin replikált kísérlet csak 25%-os növekedést eredményezett.Így, ha kizárólag a tripszin és a Lys-N adatokra összpontosítottunk, 4671 nem redundáns foszfopeptidet azonosítottunk.A detektált helyek további elemzése azt mutatta, hogy a Lys-N és a tripszin adatkészletek jelentősen eltérő foszforilációs motívumokban gazdagodtak, ami tovább bizonyítja, hogy a multiproteáz megközelítések nagyon értékesek a foszfoproteom elemzésekben.